Schwarzenau wurde bereits im Jahre 1059 als „Swarcenown“ urkundlich erwähnt.
Zu dieser Zeit konnte noch nicht von einem Dorf gesprochen werden, die Ansiedlung bestand aus wenigen bäuerlichen Anwesen. Im oberen Hüttental ließen sich seit ca. 1698 viele religiös verfolgte Siedler nieder (französische Hugenotten und andere Glaubensflüchtlinge). Sie wohnten in einfachen und ärmlichen Hütten. So enstand der Name „Hüttental“.
Der Ort erlangte somit große geschichtliche Bedeutung und wurde zu einem Zentrum des radikalen Pietismus und im Jahre 1708 Gründungsort der heutigen Kirchen der Brüder in den USA und anderen Staaten wie z.B. Indien sowie Nigeria (Churches of the Brethren). Die Geburtsstunde der Neutäufer war in diesem Jahr, als Alexander Mack 8 Personen in der Eder taufte. Heute erinnert das Alexander-Mack-Museum an die Brüderkirchen und die Zeit des radikalen Pietismus.
Inmitten des Dorfes an der Eder liegt das in der Mitte des 18. Jahrhunderts erbaute Herrenhaus. Dieses diente zuerst als Witwensitz und Jagdschloss der Grafen zu Sayn-Wittgenstein. Aber bereits der Vorgängerbau wurde zum Regierungssitz ausgebaut, als in der radikalpietistischen Phase in Wittgenstein der Landesherr Graf Henrich Albrecht zu Sayn-Wittgenstein-Hohenstein seinen Lebensmittelpunkt von Bad Laasphe nach Schwarzenau verlegte. Der Graf war tolerant in Glaubensfragen und ließ die Glaubensflüchtlinge in Wittgenstein, vornehmlich in Schwarzenau, ansiedeln.
Im Jahr 1854 wird Schwarzenau selbständige Pfarrei, welche bis 31. Dezember 2005 Bestand hatte. Seit 01. Januar 2006 gehört Schwarzenau zur Evangelischen Lukas-Kirchengemeinde im Eder- und Elsofftal.
Bis 31. Dezember 1974 war Schwarzenau selbständige politische Gemeinde. Im Rahmen des Sauerland-Paderborn-Gesetzes wurde der Ort am 01. Januar 1975 in die Stadt Bad Berleburg eingegliedert und ist seitdem eine der 23 Ortschaften dieser neu geordneten Kommune.